La storia riguarda il nuovo presidente della UAC che forma un'alleanza con un demone di alto rango, chiamato in codice TCHERNOBOG, il che ha portato alla vendita delle anime di tutti gli operai della UAC ai demoni in cambio di una quantità illimitata di armi biologiche demoniache vive. Flynn Taggart, il protagonista dell'originale Doom, viene ucciso dalla UAC ed è compito del nuovo protagonista porre fine a questo nuovo piano diabolico trovando e distruggendo TCHERNOBOG una volta per tutte.