La storia di sfondo del gioco è la seguente: una squadra di astronauti e scienziati ha avviato un progetto di ricerca segreto su un pianeta remoto. I risultati del team di ricerca sono stati inviati sulla Terra sulla "Galaxy space capsule", che ha avuto un malfunzionamento, è affondata nell'oceano e si è rotta in molti pezzi. La capsula includeva diversi contenitori di dati, ciascuno dei quali contiene piccoli estratti della storia degli scienziati, che viene rivelata al giocatore man mano che il gioco procede e si trovano i contenitori di dati. La capsula conteneva anche alcune sostanze chimiche tossiche, che hanno iniziato a fuoriuscire e minacciare la salute della vita marina mondiale. Una missione di recupero, codename Operation Neptune, viene inviata per recuperare i pezzi della capsula. Il gioco è diviso in cinque zone: Dragon Reef, Fossil Trench, Limestone Ridge, Sea Forest e Hammerhead. Ogni zona contiene tre "livelli", chiamati settori (anche se la zona Hammerhead ha anche un settore "finale", dove non ci sono problemi di matematica, ma un colpo da una creatura marina farà tornare il giocatore all'inizio). Alla fine di ogni settore, il sommergibile si avvicina a una stazione di approvvigionamento sottomarina. Ci sono due serie di livelli completamente uniche, Voyager ed Expert, ciascuna con una storia diversa che si scopre lungo il percorso. Il giocatore pilota il sottomarino, chiamato Neptune. Per tutto il gioco, vengono proposti problemi di matematica di livello elementare, sotto forma di situazioni scientifiche che potrebbero riguardare un pilota di sottomarino nella vita reale. (Ad esempio, potrebbe essere necessario regolare la zavorra dello sottomarino, e questo diventa un problema aritmetico.) In ogni settore il giocatore affronterà tre problemi di matematica posizionati in modo casuale, oltre a un problema per aprire il contenitore di dati di quel settore e un altro per aprire la serratura a combinazione sulla stazione di approvvigionamento. L’illustrazione della copertina della scatola, realizzata da Marc Ericksen, ritrae il veicolo di recupero del sottomarino Neptune che fluttua sopra il bacino di Fossil Trench mentre recupera capsule di dati tossiche luminescenti.