Ori, il protagonista del gioco, cade dallo Spirit Tree e viene adottato da Naru, che lo cresce come suo figlio. Quando si verifica un evento disastroso che fa appassire la foresta e fa morire Naru, Ori viene lasciato a esplorare la foresta. Ori incontra infine Sein, che inizia a guidare Ori in un'avventura per restaurare la foresta attraverso il recupero della luce dei tre elementi principali che sostengono l'equilibrio della foresta: acque, venti e calore.