Nella scena introduttiva, su ordine dello spietato Mollusc, Ghosts Inky e Clyde rubano una pallina energetica magica conosciuta come l'Artifact che ha mantenuto Pac-Land al sicuro dal male. Il Mollusc frantuma l'Artifact e, in una poderosa esplosione di potere, i quattro frammenti dell'Artifact vengono dispersi nel tempo e nello spazio. La sfida del giocatore, nei panni di Pac-Man, è recuperare i quattro frammenti dell'Artifact dai periodi temporali ora infestati dai fantasmi e riportarli al presente. Il Professor Pac-Man prepara una Time Machine imprevedibile, costruita frettolosamente, per aiutare Pac-Man nella sua missione. Pac-Man inizialmente viaggia attraverso quattro epoche diverse, tra cui tempi preistorici, l'Antico Egitto, il Medioevo e il Far West. Sebbene la Time Machine a volte presenti malfunzionamenti, spedendo Pac-Man in luoghi e tempi inaspettati, riesce infine ad ottenere in ogni era uno dei quattro frammenti dell'Artifact. Successivamente, la Time Machine si guasta di nuovo prima che Pac-Man possa tornare al presente, portandolo invece in un quinto periodo temporale: il futuro. Il Professor Pac-Man sostiene che sia necessaria una fonte di energia alternativa per riportarlo a casa dal futuro. In questo quinto periodo temporale, Pac-Man raggiunge finalmente il Reactor Core ed è in grado di sfruttarne l'energia per essere finalmente trasportato, con l'Artifact riassemblato, a un secondo dopo che il Mollusc aveva rotto l'Artifact nella scena introduttiva del gioco. Pac-Man, mirando l'Artifact ora riparato, spara un raggio di luce contro il Mollusc, vaporizzandolo e sorridendo trionfalmente.