La storia è una continuazione degli eventi descritti in Persona 4 Arena e inizia il giorno dopo la conclusione del gioco precedente, il che significa che Arena Ultimax è ambientato anche nel maggio 2012. La Midnight Channel è di nuovo in onda e trasmette ancora una volta un annuncio bizzarro per un altro torneo di combattimento chiamato P-1 Climax, anche noto come Operation: World Destruction, che mostra membri del Investigation Team e degli Shadow Operatives in combattimento. Pochi istanti dopo, Inaba è soggetta a un blackout e viene avvolta da una strana nebbia rossa. Inoltre, figure che sembrano sospettosamente Mitsuru Kirijo, Aigis e Akihiko Sanada crocifissi vengono mostrati in TV. Mentre l'Investigation Team cerca di capire cosa sta succedendo, Junpei Iori e Rise Kujikawa rimangono intrappolati nella nebbia rossa, mentre Labrys, Ken Amada, Koromaru e Yukari Takeba salgono su un elicottero per osservare la nebbia che avvolge Inaba.