Un virus insolito scoperto nel permafrost che si sta sciogliendo eccita la comunità scientifica. Ha un genoma massiccio, e solo l'1% dei suoi geni corrisponde a qualcosa presente nei database esistenti. «Che diavolo sta succedendo agli altri geni?» domanda il ricercatore Jean-Michel Moreau. «Questo apre una scatola di Pandora. Che tipi di scoperte nasceranno dallo studio di ciò che contiene?» I mari si trasformano in qualcosa di totalmente estraneo. Poi i mutageni iniziano a invadere la terra attraverso una nebbia microbica trasportata dall'aria. La popolazione umana è stata decimata. I sopravvissuti si riuniscono in rifugi isolati sparsi per il mondo. Poche fazioni controllano la maggior parte dei rifugi e delle risorse, ma hanno ideologie radicalmente contrastanti e custodiscono segreti profondi. The Phoenix Project è un'organizzazione mondiale concepita per essere attivata quando il mondo è in pericolo. Controlli una cella dell'organizzazione, riunendo alcuni dei migliori scienziati, ingegneri e soldati del mondo. Dopo che la tua cella è attivata, ti rendi conto di non avere contatti con nessuna altra cella. Devi scoprire che cosa è successo alle altre cellule.