Populous: The Beginning si svolge prima dei primi due giochi della serie. Il giocatore controlla la tribù Blue, contrapposta alle tre tribù nemiche che controllano la maggior parte del sistema solare. Il destino del giocatore come Sciamano è diventare una divinità; solo sconfiggendo tutti i nemici nel sistema lo Sciamano del giocatore può diventare onnipotente. Il giocatore inizia sul pianeta più lontano dal sole e attacca ogni pianeta in sequenza. Lungo il cammino, lo Sciamano può imparare nuove abilità e magie per sconfiggere i suoi avversari, che di solito sono molto più potenti. La vittoria richiede che il giocatore distrugga l'opposizione oppure, occasionalmente, esegua azioni speciali. Il giocatore perde se lo Sciamano è ucciso e non restano seguaci, se lo Sciamano viene ucciso e non esiste un cerchio di reincarnazione, o se il tempo a disposizione nei livelli a tempo si esaurisce.[16] Dopo aver respinto le altre tribù, lo Sciamano ascende alla divinità e aiuta ulteriormente il suo popolo a conquistare i Matak, i Chumara e i Dakini in un'ultima battaglia.