La storia di Resident Evil 0 riporta i giocatori al 1998. Si stanno moltiplicando i rapporti su omicidi insoliti ai margini di Raccoon City. La divisione delle Forze Speciali della città, S.T.A.R.S., invia il loro Bravo Team, inclusa la giovane agente Rebecca Chambers, per indagare. Durante il tragitto, l'elicottero del team subisce problemi al motore ed è costretto a un atterraggio d'emergenza, dove trovano un veicolo di trasporto di prigionieri capovolto. Divisi per cercare l'area, Rebecca scopre l'Ecliptic Express, un treno fermo in mezzo ai binari. All'interno incontra un condannato a morte in attesa di esecuzione e l'ex tenente della Marina Billy Coen. Durante il gioco, potrai controllare sia Rebecca che Billy, a volte alternando i due personaggi per procedere. Conoscere i vantaggi di ciascun personaggio è la chiave per risolvere gli enigmi e per sopravvivere agli incubi che li attendono.