Diversi anni dopo, Zephyr Falcons, un gruppo ribelle, lanciano un attacco contro la prigione per liberare i loro fratelli catturati, e Cyrano viene liberato nel caos. Tuttavia il suo corpo è troppo fragile per anni di lavoro su materiali tossici nelle profondità della prigione, e si ritrova rapidamente sull'orlo della morte. In questo momento di disperazione, è salvato da una misteriosa entità spirituale che è legata nelle profondità della prigione. E dotato di nuovi poteri, oltre a un aspetto fisico radicalmente trasformato dalle sue prove, Cyrano torna sulla terraferma, deciso a vendicare i suoi nemici. The Rhapsody of Zephyr abbandona in gran parte gli stilemi SRPG della serie madre a favore di un'esperienza più tradizionale dallo stile RPG da console, con l'unica vera traccia di questa eredità rimasta nel suo sistema di combattimento a griglia, semi-strategico. Il gioco vanta un certo numero di meccaniche interessanti se non pienamente realizzate, con la durabilità delle armi che gioca un ruolo chiave nelle battaglie, oltre al fatto che le armi hanno valori separati di attacco e difesa e agiscono sia per proteggere gli alleati dai danni sia per aiutarli a infliggere danni.