La storia inizia come una continuazione incompleta del capitolo precedente. Si apre con Gina al funerale di Brian, ed è l’unica persona in lutto presente. Introduzione L’introduzione mostra l’occhio di un corvo, che sfuma per mostrare il funerale di Brian, dove ci sono solo quattro persone: un sacerdote, che parla in latino; Luane, la responsabile del cimitero; Ernie, la guardia di sicurezza dell’Happy Dale Mental Hospital; e Gina, la fidanzata di Brian. Questa scena si alterna a flashback di un processo, in cui Brian è accusato di aver apparentemente ucciso il generale Kordsmier, ma a causa di un caso di amnesia viene dichiarato pazzo e rinchiuso in un istituto mentale. Capitolo 1: Brian Basco è morto Dopo la conclusione dei funerali, Gina riceve una chiamata da Brian, che le dice di salvarlo, perché è intrappolato nella sua stessa tomba. Chiude la chiamata perché la batteria è molto bassa. Poco prima che la batteria si esaurisca, invia un messaggio a Gina. Capitolo 2: L’arte di scappare Gabbo, un amico di Brian dal manicomio, racconta a Gina la storia di come Brian scappa. Gabbo racconta a Brian un piano, ma Kurgan ruba il piano e se ne va per usarlo lui stesso. Con un po’ di improvvisazione, Brian supera questi ostacoli ma si ferma a metà della fuga quando trova Kurgan decapitato. Capitolo 3: Un suicidio tempestivo In una baita nel bosco, Gina aiuta uno psicologo a indagare sulla morte di un testimone che avrebbe scagionato Brian. La sua morte era stata classificata come suicidio. Capitolo 4: Un alleato inaspettato La storia della fuga di Brian riprende, mentre scopriamo come intende utilizzare il corpo di Kurgan per sembrare il proprio. Capitolo 5: Decostruire Brian Finalmente apprendiamo alcune delle cose che sono accadute tra la fine di Runaway 2 e l’inizio di questo gioco. Inoltre, Gina viene legata mentre Tarantula la raggiunge. Capitolo 6: La fine è qui Brian mette in piedi un piano per sconfiggere Tarantula e i suoi scagnozzi, scagionarsi e salvare Gina. La serie arriva a una fine adeguata.