Grazie agli sforzi coraggiosi del principe ereditario Lord British e dell'eroe della Gradius Army, la pace fu ripristinata sul pianeta acquoso noto come Latis. Tuttavia, quella pace durò poco: la Salamander Force, apparentemente sconfitta, riacquistò forza e si mise nuovamente all'opera per conquistare Latis. Nel frattempo, la Gradius Army si trovò a lottare contro la super arma Bacterian nota come Dark Force, poiché l'impero malvagio cercava di diffondere la sua influenza verso i confini più remoti della galassia. Senza alcuna speranza di poter chiedere ai loro antichi salvatori aiuto, la principessa imperiale di Latis è costretta a portare personalmente la lotta al nemico a bordo di una versione potenziata della amata astronave da caccia di suo fratello, Lord British MK III. A lei si unisce il Vic Viper Type L, una nave completamente nuova realizzata con la tecnologia Gradius e le ultime scoperte scientifiche di Latis.