Il gioco si svolge in una versione rielaborata del Giappone del tardo XVI secolo, periodo Sengoku. Alla fine dell'era Sengoku, il signore della guerra Isshin Ashina mette in atto un sanguinoso colpo di stato e si impadrona della terra di Ashina. Durante questo periodo, un orfano senza nome viene adottato dal shinobi errante Owl, che lo nomina "Wolf". Vent'anni dopo, la casata Ashina è sull'orlo del collasso, a causa di una combinazione: Isshin, ormai anziano, è caduto in malattia e i nemici della casata si avvicinano sempre più da ogni lato. Disperato nel trovare un modo per impedire la caduta della sua casata, il nipote di Isshin, Genichiro, cattura l'Erede Divino Kuro, con la speranza di usare la sua "Eredità del Drago" per creare un esercito immortale.