Silent Hunter II è una simulazione di sommergibili della Seconda Guerra Mondiale che mette i giocatori al comando di U-boot tedeschi in vari teatri di guerra. I giocatori possono partecipare a missioni singole o intraprendere una campagna che si sviluppa su sette regioni marittime, dalla costa orientale degli Stati Uniti all'Oceano Indiano, affrontando forze navali americane e britanniche. Il gioco presenta 12 diverse tipologie di U-boot, accuratezza storica nel confronto con gli assi sommergibilisti della Seconda Guerra Mondiale e interoperabilità con il suo gioco complementare Destroyer Command per il combattimento multiplayer online. Dopo aver completato le missioni, i giocatori guadagnano medaglie e encomi in base alle loro prestazioni e al tonnellaggio delle navi nemiche affondate.