Il giocatore comanda l'USS Idaho, un sottomarino lanciamissili balistici di classe Ohio, fittizio. Durante una normale pattuglia di deterrenza nucleare, arriva un messaggio codificato dal U.S. COMSUBLANT. Il messaggio riferisce che un sottomarino diesel-libico rubato è uscito dal Mar Mediterraneo, forse diretto verso l'area operativa di Idaho. Idaho deve eludere il sottomarino potenzialmente ostile, un problema che si complica rapidamente dal fatto che il sottomarino nemico è equipaggiato con apparecchiature in grado di generare suoni che gli permettono di imitare altre classi di sottomarini, anche di design americano. Il sottomarino della classe Kilo fuori controllo utilizza questa tattica per lanciare un attacco torpedinante sull'Idaho fingendosi un sottomarino alleato della classe Los Angeles, USS Biloxi.