Guerra totale in una battaglia per salvare il tuo quartiere! Il gioco si differenzia dal film e, a differenza della versione Small Soldiers (PS1), la trama e il tema sono stati completamente cambiati. Il film era ambientato nel mondo reale, mentre il gioco è ambientato in una realtà-città tridimensionale, simile a un cartone animato, chiamata «New Bedford». La Commando Elite e i Gorgonites si risvegliano in una grande stanza su un baule. Chip Hazard critica Archer come debole e vigliacco, gli stacca il braccio destro e, infine, lo attacca usando proprio il braccio destro di Archer, subito dopo che Archer lo aveva avvertito saggiamente e si era allontanato da lui con il braccio destro. Archer se lo prende e si inchina davanti a Chip Hazard, puntando il braccio destro mozzato verso il petto di Chip Hazard e colpendo la testa di Chip con il braccio destro, riportando così il braccio destro sulla sua spalla destra. Dopo l'incidente i due continuano a discutere, ma all'improvviso si scagliano entrambi l'uno contro l'altro e si scontrano; dunque, il giocatore PC deve scegliere la sua squadra per la campagna. La campagna principale per entrambe le fazioni, la Commando Elite e i Gorgonites, consiste nel cercare di eliminarsi a vicenda, finché non raggiungono l'Industria principale di Small Soldiers, distruggendo al contempo l'intera città. Campagna della Commando Elite Il piano della Commando Elite è sterminare ogni Gorgonite isolato e ogni esemplare vivente non Commando; se l'esito è una vittoria, la Commando Elite intende sterminare Washington, D.C. e costruire industrie tecnologiche dei Commando per il loro momento di gloria in un nuovo Pianeta del Militarismo dei Commando. Campagna dei Gorgonites La campagna dei Gorgonites è proprio l'opposto: difendere ogni forma di vita, custodire la libertà e conservare un crogiolo di ecosistemi. Se l'esito è una vittoria pianificano di cambiare il comportamento della Commando Elite, passando dal modificare i loro microchip e le uniformi a comportamenti delicati e camicette tratte dai chip della Gwendy Doll, difendendo così il pianeta e un crogiolo di nuovi animali selvaggi a New Bedford.