Nel gioco, i giocatori assumono i panni di vari personaggi per missioni diverse. Tra di essi vi è un cecchino, il Sergente Tyler "Razor Six-Four" Wells, per missioni a lungo raggio e incarichi di furtività; un operatore Delta Force, Privato Cole Anderson, nonché un ribelle, El Tejon, per missioni che prevedono scontri diretti. La trama principale ruota attorno a una unità di operazioni speciali altamente addestrata che viene inviata nel paese fittizio Isla Trueno, il cui governo democratico è stato rovesciato da una forza ostile. L'agente della CIA sotto copertura Mike Rodriguez si infiltra nell'entourage del Generale Vasquez per predisporre un colpo per il team cecchino-osservatore Alpha Nine. Uccidere il generale porrebbe fine al regime sull'Isla Trueno. Durante il tentativo di assassinio, l'agente Rodriguez viene compromesso e catturato, e il Generale Vasquez fugge. Dopo una serie di missioni, la squadra d'assalto Delta Three, supportata dall'unità di cecchini Razor Six-Four, riesce a liberare l'agente Rodriguez da un accampamento nemico. Con Vasquez a piede libero, Delta Three e Razor Six-Four sono inviati a predisporre un attacco aereo su una piantagione di cocaina. Dopo la distruzione riuscita della piantagione, l'elicottero di evacuazione viene attaccato ed è costretto a partire. Razor Six Four si fa strada attraverso il territorio nemico per raggiungere il nuovo punto di evacuazione da cui verrà estratto. L'agente Rodriguez si allea con il Sergente Tyler Wells per rubare i piani di una testata nucleare da un accampamento nemico. La missione ha successo, ma l'agente Rodriguez si rivela un traditore. Prende i dati e lascia che il Sergente Wells venga ucciso dal nemico. Un leader ribelle chiamato El Tejon salva il Sergente Wells, che poi rintraccia Rodriguez, lo uccide e recupera i dati. Poiché i file dei dati sono incompleti, il team cecchino-spotter Alpha Nine ruba il resto dei dati dal nemico. Insieme a Razor Six-Four, Alpha Nine elimina poi Ernesto Salazar, consigliere del Generale Vasquez. La decrittazione dei dati rubati rivela la posizione di una miniera di uranio segreta sull'Isla Trueno. Delta Three e Razor Six-Four entrano nelle strutture della miniera su un camion nemico, liberano i lavoratori civili e distruggono il complesso. Per dissolvere completamente il regime ora indebolito, viene effettuato un secondo tentativo di uccidere il Generale Vasquez. Razor Six-Four completa l'assegnazione con successo, e il gioco termina nel momento in cui il proiettile colpisce Vasquez.