Doctor Robotnik cerca un nuovo modo per sconfiggere il suo storico nemico Sonic e conquistare il mondo. Durante la sua ricerca, viene a conoscenza di un'entità chiamata Chaos — una creatura che, migliaia di anni fa, aiutò a proteggere i Chao e l'onnipotente Master Emerald, che bilancia il potere dei sette Chaos Emeralds. Quando una tribù di echidnas cercò di rubare il potere degli Emeralds, rompendo l'armonia che avevano con i Chao, Chaos reagì usando il potere degli Emeralds per trasformarsi in una bestia mostruosa, Perfect Chaos, e spazzarli via. Prima che potesse distruggere il mondo, Tikal, una giovane echidna che aveva fatto amicizia con Chaos, lo rinchiuse nel Master Emerald insieme a se stessa. Eggman rilascia Chaos e Sonic e i suoi amici devono agire contro i piani di Eggman e impedire al mostro di diventare sempre più potente.