Sonic viaggia verso le sponde distanti di Never Lake per l'apparizione una volta all'anno di Little Planet - un mondo misterioso dove passato, presente e futuro si scontrano grazie al potere delle Time Stones che giacciono nascoste al suo interno. Sonic arriva solo per scoprire che il mondo un tempo bello è imprigionato sotto una corazza metallica contorta. Il suo acerrimo nemico, Dr. Eggman, è venuto per le Time Stones e, con esse, avrà presto il potere di controllare il tempo stesso! Per mettere fine ai loschi piani di Dr. Eggman, Sonic deve usare il potere di Little Planet per viaggiare nel tempo; spezzando la presa di Dr. Eggman sul futuro distruggendo le sue macchine nel passato e recuperando le Time Stones mancanti!