Spy Muppets: License to Croak è un gioco basato sulla storia e sull'attività, in cui il giocatore è il miglior agente segreto del pianeta: Kermit la Rana! Kermit deve fermare diversi supercattivi, tra cui la tentatrice Piggy Galore, dal portare a termine i loro loschi piani! Tutti i Muppet preferiti compaiono in questo colorato gioco, sia dalla parte del male che da quella del bene. Kermit, Animal e Fozzy combattono contro Dr. Nose, King Prawn e Piggy Galore. E che dire di B&B - Bunsen e Beaker - che sembrano troppo occupati per aiutare Agent Frog con i suoi trasporti e gadget? Il gioco offre tre storie alternative da seguire, ma tutte queste storie sono collegate in qualche modo e alla fine porteranno tutte nella stessa direzione: il cattivo definitivo!