La trama fa riferimento a diversi media nell'universo di Star Trek, incorporando elementi della trama tratti dalle serie televisive Star Trek: Deep Space Nine e Star Trek: The Next Generation, nonché dal film Star Trek: Insurrection, recentemente uscito. Dopo la Guerra del Dominio, la Federazione si dedica alla ricostruzione. Tuttavia, una nave temporale della Federazione, l'USS Premonition, appare improvvisamente dal futuro, sotto attacco dai Borg. Il capitano Jean-Luc Picard, al comando dell'USS Enterprise-E, interviene per aiutarla. Il capitano dell'USS Premonition, Thaddeus Demming, avverte Picard di un'imminente invasione Borg. Picard respinge quindi un primo attacco Borg contro un avamposto federale. In un'altra zona, il comandante Worf assiste nella difesa del mondo natale dei Ba'ku dagli Son'a, dopo di che gli viene riferita la scoperta dell'Enterprise. Mentre viaggia attraverso un settore dello spazio pericoloso nel suo ritorno verso Qo'noS, viene attaccato dal suo vecchio nemico, Toral, che intende usare una falsa Spada di Kahless per conquistare l'Impero Klingon. Toral tende un'imboscata al Cancelliere Martok dopo un'altra incursione Borg, e ne segue un'altra guerra civile Klingon. Dopo una battaglia epica sul mondo natale Klingon, Toral viene sconfitto. Si ritira nella Zona Neutrale, rivelando che stava ricevendo aiuti dall'Impero Romulano Stellare. Le ostilità tra Klingon e Romulani scoppiano. I Romulani, nel frattempo, scoprono una particella Omega stabile, una fonte di potere quasi illimitato. La particella, scoperta per prima da una gilda mineraria Ferengi, sta per essere venduta ai Cardassiani; il Tal Shiar invia l'Ammiraglio Sela per assicurarsene prima che ciò accada. Sela cattura la Particella Omega e, nonostante alcune interferenze Borg, la consegna a una base Romulana fortificata. Poi si allea con i Borg promettendo la particella dopo che avranno distrutto le restanti forze di Toral, ma li tradisce e li attacca dopo la sconfitta di Toral. I Borg, desiderosi di mettere al sicuro la particella a ogni costo, assimilano un impianto di clonazione del Dominio e lo usano per clonare Locutus, l'ex titolo di Jean-Luc Picard quando fu assimilato. Con Locutus a guidare la loro armata, i Borg prendono la Particella Omega dai Romulani e assimilano l'Ambasciatore Spock, che sta cercando di mediare tra i Klingon e i Romulani. Senza di lui, i due imperi vanno in guerra, e i Borg riescono a entrare nel sistema Sol. Locutus e la sua armata sconfiggono la flotta della Federazione, uccidono Worf e Demming e assimilano la Terra. Tuttavia, Picard e l'USS Enterprise-D riescono a fuggire attraverso un vortice temporale creato dall'USS Premonition. Tornato nel tempo, Locutus, a bordo di una Sfera Borg, tenta di uccidere Picard sull'USS Enterprise-D poco dopo la missione Farpoint. Tuttavia, Locutus viene ostacolato dall'USS Premonition che, non essendo influenzata dai cambiamenti della linea temporale, insegue Locutus nel tempo e distrugge la sua nave. Quando l'USS Premonition, logorata dalla battaglia, ritorna al "presente" e vede che tutto è tornato alla normalità, Demming invia la nave e l'equipaggio a casa verso un futuro migliore. Il gioco si conclude con un'ultima voce di log di Picard, che annota la partenza dell'USS Premonition, nonché la potenziale disintegrazione dell'alleanza Klingon-Romulana, anche se Picard osserva che «Se la pace durerà o meno, solo il tempo potrà dirlo».