Qualunque sia il percorso che Kyle Katarn sceglierà, cambierà per sempre il volto della galassia. Star Wars Jedi Knight: Dark Forces II continua la storia di Kyle Katarn, un giovane mercenario che è riuscito a infiltrarsi con successo nell'Impero, mentre intraprende una missione per scoprire il suo passato e apprendere le vie dei Jedi. Per proteggere la galassia, Katarn deve confrontarsi con gli assassini di suo padre, guidati dal Dark Jedi Jerec, e impedirgli di ottenere i misteriosi poteri di una Valle dei Jedi, un punto focale del potere dei Jedi e un luogo di sepoltura dei Jedi. Mentre Katarn intraprende il suo viaggio per sconfiggere il Dark Jedi, deve anche plasmare il suo destino, scegliendo se seguire il lato chiaro o il lato oscuro.