Il protagonista, Tomoya, fu abbandonato dalla madre in tenera età. Fu accolto da Honjou Arisa dopo un incontro casuale. Anche quattro ragazze adottate che si erano unite alla famiglia Honjou per motivi simili vivevano lì. Sebbene non fossero imparentati di sangue, Tomoya trattava le ragazze come se fossero le sue sorelle. Vivevano una vita tranquilla presso la residenza della famiglia Honjou... ma un giorno incontrò una strana donna in città. Era avvolta in qualcosa che sembrava ferro – e vedendola, gli tornò in mente che anche lui aveva una volta nutrito un simile potenziamento metallico. "È quella... la tua Anima?" Un braccio destro si era trasformato in metallo... Un cadavere peculiare scoperto a scuola... Uno studente trasferito che emanava una nebbia oscura... E un guerriero straniero avvolto in una pesante armatura d'acciaio... La vita tranquilla di Tomoya sarebbe presto crollata quando una disgrazia li avrebbe colpiti, lui e le sue sorelle. Per proteggerle, dovrà ancora una volta avvolgere il braccio destro nell'Anima.