In The Stetchkov Syndicate, i giocatori riprendono il loro ruolo di leader dell'elemento all'interno della Fairview SWAT, che questa volta deve confrontarsi con il sindacato criminale omonimo, che contrabbanda droghe illegali e armi in città. La prima missione vede la squadra SWAT rispondere a una sparatoria in corso in una sala arcade in un quartiere degradato, dove la squadra scopre che i trafficanti di droga della città hanno una nuova temibile concorrenza. Non molto tempo dopo, la squadra si occupa di una banda di rapinatori falliti che si è barricata all'interno di una casa di transizione. La trama si complica quando diventa chiaro che qualcuno sta fornendo armi d'assalto ed esplosivi a diversi acquirenti, tra cui un culto fondamentalista cristiano e un gruppo di contadini arrabbiati. Di conseguenza, la Fairview SWAT prende di mira direttamente il clan Stetchkov, prima in una retata su un laboratorio di droga gestito dagli Stechkovs in una casa abbandonata. Le cose si complicano ulteriormente quando il sindacato Stechkov e un'altra banda si scontrano l'uno contro l'altro in una stazione della metropolitana, dove molti civili sono coinvolti nel fuoco incrociato. Dopo che la SWAT ripristina l'ordine, devono eseguire un mandato di perquisizione in un magazzino di proprietà di una società di facciata dei Stetchkov, dove la SWAT cattura i responsabili del clan, ponendo fine al loro regno del terrore.