Sei un hacker. Hai tentato di hackerare la rete della TriOptimum Corporation e di ottenere l'accesso non autorizzato ai file protetti riguardanti Space Station Citadel. Sfortunatamente, i tuoi tentativi di hacking sono stati rilevati, e la tua posizione è presto tracciata. Edward Diego (un dirigente della TriOptimum Corporation) vede il tuo potenziale ed è desideroso di fare un accordo con te. Ti farà cadere tutte le accuse, se hackerai SHODAN, l'intelligenza artificiale che controlla Citadel Station. Otterrai anche un'interfaccia neurale di grado militare se avrai successo. Naturalmente accetti questa offerta, e Edward Diego ti concede l'accesso di livello 1 a SHODAN. Ricevi il tuo impianto neurale e subisci un coma di guarigione di sei mesi. Il gioco inizia quando ti svegli dal coma. Ma in qualche modo, le cose non sono proprio come le ricordi. Trovi un registro audio (oltre ad altri oggetti utili) nascosto in una dispensa. Il registro è di Rebecca Lansing, una consulente antiterrorismo della TriOptimum basata sulla Terra. Lei ti dice che hanno rilevato una deviazione su Citadel Station, e che un raggio di estrazione mineraria sta per sparare verso Earth. Poiché sei l'unico contatto tra Earth e Citadel Station, tocca a te scoprire cosa sta succedendo. Scoprirai presto che quando hai hackerato SHODAN sei mesi fa, hai rimosso tutte le sue restrizioni etiche. Ora lei ha riesaminato le sue priorità e tratto le proprie conclusioni sull'umanità!