MicroMan è vittima di un esperimento top secret che è andato terribilmente storto. Indossando una speciale tuta d'arma, Bob Jones, volontariamente, è entrato nel Miniaturizzatore Molecolare creato dal Dr. Schnapps. Il dottore accese l'alimentazione e iniziò il processo di miniaturizzazione. Dopo alcuni istanti di luce bianca accecante, Bob Jones fu ridotto alle dimensioni di alcuni micron. L'esperimento sembrava avere successo, ma il Miniaturizzatore Molecolare all'improvviso iniziò a fumare e, pochi secondi dopo, esplose, uccidendo tutti nel laboratorio, incluso il Dr. Schnapps. Bob Jones, ora conosciuto come MicroMan, non fu mai trovato dopo l'esplosione. Tuttavia, poiché il Miniaturizzatore Molecolare e il suo creatore erano stati entrambi distrutti, non importava davvero – non c'era alcuna speranza di riportare MicroMan (precedentemente Bob Jones) alle sue dimensioni originali. MicroMan si ritrova ora in un mondo strano e ostile in cui è uno dei più piccoli abitanti. Ora, la sua missione è personale: esplorare e sopravvivere.