Il gioco inizia con Silas (doppiato da Phil LaMarr) seduto nella sua camera, stringendo un cilicio metallico spinato attorno alla gamba. Poi prende una pistola e se ne va. Il gioco taglia su Robert Langdon (Robert Clotworthy), professore di simbologia di Harvard a Parigi per una conferenza, che arriva al Louvre, dove gli è stato chiesto di esaminare una scena del crimine da Cpt. Bezu Fache (Enn Reitel). Jacques Saunière (Neil Ross), amico di Langdon e curatore del museo, è stato assassinato. In un flashback, si vede Silas chiedere a Saunière dove si trovi qualcosa. Saunière glielo dice, e Silas risponde, "Ti credo. Anche gli altri me l'hanno detto," prima di sparargli. Nel museo, Fache mostra a Langdon che prima di morire Saunière aveva scritto una cifra numerica e un messaggio, "O Draconian Devil! Oh Lame Saint!" con inchiostro a luce nera. A quel punto arriva Sophie Neveu (Jennifer Hale), membro del dipartimento di crittografia, spiegando che la cifra fa parte della sequenza di Fibonacci, anche se i numeri sono fuori ordine. Poi gli svela in segreto che è in pericolo, poiché Fache ritiene che sia l'assassino. Nei bagni, rivela che la polizia ha piazzato un dispositivo di tracciamento GPS su Langdon. Neveu gli dice che anche scritto con inchiostro a luce nera c'erano le parole "PS. Find Robert Langdon." Spiega che Saunière era suo nonno e che "PS" era il suo soprannome per lei; "Princess Sophie." Crede che Saunière avesse incluso la cifra numerica nel messaggio per assicurare il suo coinvolgimento nel caso. Langdon lancia il dispositivo GPS su un’auto in transito, e gran parte della polizia lascia il museo per seguirlo. Lui e Neveu tornano al corpo, e Langdon realizza che i numeri sono fuori sequenza per dirgli che anche le lettere sono fuori sequenza; le parole sono anagrammi. Decifra "Draconian Devil" come "Leonardo da Vinci" e "Oh Lame Saint" come "La Gioconda". Mentre si dirigono verso il dipinto, Langdon ipotizza che "PS" potrebbe riferirsi anche al Priory of Sion. La sua tesi si rafforza quando Neveu ricorda di aver visto le lettere insieme a una fleur-de-lis quando era bambina; "PS" combinato con una fleur-de-lis è lo stemma del Priory. Alla Gioconda, trovano una cifra di sostituzione scritta con inchiostro a luce nera sul vetro attorno al dipinto. Gli indizi li conducono nell'ufficio di Saunière, dove ascoltano un messaggio in cui Sister Sandrine di Saint-Sulpice dice Saunière "il pavimento è rotto e gli altri tre sono morti." Si sente infrangersi una finestra e un uomo dice: "Il tuo destino era sigillato nel momento in cui ti sei opposto a Manus Dei." Mentre continuano a seguire gli indizi lasciati da Saunière, infine Neveu conclude che devono dirigersi al suo chateau. Lei e Robert si separano: lei si dirige al chateau e lui a Saint-Sulpice. Intanto, al chateau, Neveu si dirige verso la grotta sotterranea di Saunière. Riesce a sfuggire sia a Silas sia alla polizia, e segue una serie di indizi per trovare una chiave con l’indirizzo della Depository Bank of Zurich. Riunita con Langdon, si dirigono in banca, dove aprono la cassetta di Saunière, trovando un cryptex. Poi si dirigono al Château Villette, la residenza di Sir Leigh Teabing (Greg Ellis), amico di Langdon e uno dei massimi esperti mondiali del Santo Graal. Teabing e Langdon spiegano a Neveu che il Graal non è una coppa, ma un riferimento a una donna. Guardando l’Ultima Cena di da Vinci, Teabing spiega che l’immagine di Giovanni è in realtà Maria Maddalena, con cui Gesù storico fu sposato. Questo matrimonio fu nascosto dalla Chiesa primitiva, che aveva bisogno che i suoi seguaci credessero che Gesù fosse divino. Teabing spiega che il calice che conteneva il sangue di Cristo, il Santo Graal della leggenda, era Maria stessa, poiché era incinta del figlio di Gesù. A questo punto, Silas arriva, rivelando di aver assassinato Saunière su ordini di "The Teacher." Langdon e Neveu lo neutralizzano, e con Teabing e il suo servitore Remy (Andres Aguilar), si dirigono a Londra, portando con sé Silas privo di sensi. Atterrano a Biggin Hill e si dirigono verso Temple Church. Langdon e Teabing entrano, ma nel cortile, Neveu li vede Remy tradirli e inviare una banda di sicari all’inseguimento. Langdon si risveglia in una torre, ma riesce a scappare, e si riunisce con Neveu. Le dice che Remy tiene Teabing in ostaggio per usarlo come carta da negoziare per il cryptex. All'interno della chiesa, Remy e Silas affrontano Langdon e Neveu, che fuggono e si dirigono verso Westminster Abbey, dove Teabing è trattenuto. Una volta lì, decidono di risolvere il cryptex per negoziare la vita di Teabing. Seguendo una serie di indizi lasciati da Saunière, ci riescono, ma prima che possano aprirlo, vengono catturati da Remy. Lo conducono da Teabing, che si rivela essere The Teacher. Colpisce Remy poiché non ne ha più bisogno, e rivela che Silas è stato appena arrestato per gli omicidi recenti. Dice a Langdon e Neveu che il Priory avrebbe dovuto rendere pubblici i contenuti del cryptex sulla vigilia del Nuovo Millennio, ma Saunière decise di non farlo. Di conseguenza, Teabing decide di rivelare i documenti lui stesso. Chiede a Langdon e Neveu di unirsi a lui nel rivelare la verità su Mary Magdalene, ma loro rifiutano e Langdon distrugge il cryptex. Teabing viene arrestato mentre si rammarica che la verità sia stata persa per sempre. Tuttavia, Langdon aveva rimosso il documento prima di distruggere il dispositivo. Seguendo l’indizio contenuto al suo interno, lui e Neveu si dirigono verso Rosslyn Chapel. Lì trovano un albero genealogico della famiglia Saint-Clair, che risale alla dinastia Merovingiana. In una serie di documenti apprendono che quando la famiglia di Sophie fu uccisa in un incidente stradale, i reportage dei giornali dicevano che tutta la famiglia era morta; madre, padre e due figli. I resoconti affermano anche che il cognome della famiglia era Saint-Clair. Langdon realizza la verità: Neveu era sopravvissuta all’incidente, e il Priory diffuse la storia che fosse morta per proteggerla, poiché è un parente di sangue vivente di Gesù. La nonna di Neveu arriva allora, spiegando che la famiglia aveva cambiato nome per protezione. Presenta Neveu a suo fratello, che anche lui sopravvisse all’incidente; era giunto in Scozia mentre Neveu andò in Francia con Saunière. La nonna di Neveu dice quindi a Langdon che il graal non è a Rosslyn, è in Francia. Si rende conto che l’indizio nel cryptex non puntava a Rosslyn ma alla Rose Line a Parigi. Si dice addio a Neveu e si dirige in Francia, comprendendo finalmente che il graal si trova sotto la Piramide del Louvre.