A sei mesi dagli eventi di Trails in the Sky Second Chapter, Liberl si è ristabilita in pace ancora una volta — ma anche durante tempi di pace, ci sono molti tra i distinti e fortunati che bruciano di avidità grazie all'influenza di antichi artefatti. La maggior parte della popolazione resta all'oscuro dei loro abusi di potere, ma per l'ordine più enigmatico della amata Septian Church, i Gralsritter, l'eliminazione di questi presunti cattivi e la rivendicazione di artefatti a loro nome è tanto quotidiana quanto professare la propria fede nella Dea. Alla vigilia di un'altra missione portata a termine con successo, un alto membro, Padre Kevin Graham, viene immediatamente incaricato di recuperare un ulteriore artefatto che giace sotto Grancel Cathedral. Inoltre, anche se si tratta di un compito che potrebbe facilmente portare a termine da solo, deve farlo a malincuore in collaborazione con la sua nuova recluta, novellino Gralsritter e amica d'infanzia Sister Ries Argent. Così ha inizio una missione di routine che si rivelerà tutt'altro, addentrandosi in un regno nuovo e misterioso che segue un insieme di regole inspiegabilmente rigide: Phantasma. Là dentro, la storia della Septian Church e i trascorsi di molti volti familiari che hanno preso le armi per il bene del futuro di Liberl saranno svelati... e alcuni forse avrebbero fatto meglio a restare sigillati per sempre dietro porte chiuse.