Settlers III inizia quando tre dèi: Jupiter (capo del Panteon Romano), Horus (il dio solare egizio dalla testa di falco) e Ch'ih-Yu (il leggendario drago cinese). Un messaggero arriva con un messaggio dal dio degli dèi che dice loro che devono trovare un leader degno per creare un nuovo popolo e farlo combattere tra loro — il vincitore sfugge alla punizione eterna, in questo caso, ridipingere di bianco l'intero universo. Assumerai il ruolo del leader che cerca di dimostrare di essere abbastanza talentuoso da impressionare il proprio dio conquistando altre civiltà e catturando quanti più territori possibile.