Il gioco inizia mentre Garrett prosegue la sua vita da ladro. Tuttavia, viene tradito dal suo ricettatore e teso un’imboscata dopo una missione iniziale, e capisce che Truart, lo sceriffo locale, lo sta cacciando. I Keepers conducono Garrett ad ascoltare una profezia sull’“Età del Metallo”, che lui ignora. Mentre Garrett esce, uno dei Keepers gli comunica che Truart era stato assunto per ucciderlo, e gli consegna una lettera che lo istruisce ad origliare una riunione dei Mechanist. Là, Garrett sente Truart e Padre Karras discutere della conversione delle persone di strada in Servitori senza mente, che indossano maschere che emettono un vapore rosso in grado di ridurre a ruggine sia loro che gli umani vicini. Truart promette di fornire a Karras venti vittime per il progetto dei Servitori, senza rendersi conto che Karras sta registrando le sue parole per uso di ricatto. Garrett ruba la registrazione da una cassetta di deposito sicura, per costringere Truart a rivelare il suo datore di lavoro. Tuttavia, Garrett trova Truart assassinato nella sua tenuta. Le prove sulla scena del crimine lo portano a spiare l’ufficiale di polizia Lt. Mosley. Garrett vede Mosley consegnare una lettera sospetta, che viene portata attraverso un portale da un pagano ferito. Garrett entra nel portale e si ritrova fuori dalla City, e segue la traccia di sangue del pagano fino a Viktoria, che lo persuade a unirsi a lei contro i Mechanists. Su una soffiata di Viktoria, si infiltra nell’ufficio di Karras per apprendere del “Cetus Project” [31], e scopre involontariamente che Karras sta fornendo Servitori ai nobili della City. Garrett si dirige verso una base dei Mechanist per saperne di più sul Cetus Project, che si rivela essere un sottomarino. Per localizzare e rapire un Mechanist di alto rango chiamato Brother Cavador, Garrett si introduce di nascosto sul veicolo. Dopo aver consegnato Cavador a Viktoria, Garrett ruba una maschera da Servitore per imparare una tecnologia dei Mechanist chiamata “Coltivatore”. Nel frattempo, Karras si nasconde all’interno della cattedrale Mechanist in preparazione del suo piano. Garrett e Viktoria apprendono che sono i Coltivatori all’interno delle maschere dei Servitori a emettere vapore rosso, o “gas di ruggine”. Karras aveva fornito Servitori ai nobili con giardini per scatenare una catena di eventi apocalittica. Viktoria progetta di attirare i Servitori nella cattedrale dei Mechanist sigillata ermeticamente prima che Karras attivi le loro maschere, ma Garrett ritiene che sia troppo pericoloso e se ne va. Viktoria va alla cattedrale da sola e muore mentre la riempie di piante, e Garrett porta a termine il suo piano, uccidendo Karras nel gas di ruggine. In seguito, Garrett viene avvicinato da un Keeper che spiega che lo schema di Karras e la morte di Viktoria erano stati profetizzati. Garrett pretende di conoscere il resto delle profezie dei Keepers mentre il gioco termina.