Titan Quest si basa sulla fine della comunicazione tra gli dèi e l'umanità. Il personaggio principale (il cui nome e sesso possono essere scelti dal giocatore) inizia la missione su una strada sterrata vicino a un piccolo villaggio chiamato Helos. Il mondo è stato invaso da belve e creature derivate prevalentemente dalla mitologia che terrorizzano la campagna, devastando i raccolti, bruciando templi, invadendo villaggi e cimiteri, assediando città, ecc. Dopo essere stato inviato in missione a Delphi dal generale spartano Leonidas, la storia ruota attorno all'ordine fittizio di Prometheus e ai suoi sforzi per ristabilire l'equilibrio nel mondo. L'eroe incontra centauri, harpyie, automi, ragni e scorpioni, i yeti, soldati non morti e altri mostri derivati dalla mitologia, che sorvegliano incessantemente il cammino e cercano di impedirgli di raggiungere il prossimo villaggio o città. L'eroe deve occasionalmente affrontare mostri 'miniboss' più forti, di solito come parte di una missione secondaria. Anche i boss compaiono a intervalli, di solito a protezione di un oggetto della missione principale, di un dispositivo di trasporto, di un NPC della missione, ecc. Il giocatore affronta un nemico boss (chiamato telkines) alla fine di ogni 'atto' (Greece, Egypt and The Orient) e affronta un nemico boss finale al Mount Olympus, il Titan Typhon.