La storia di Todesangst 2: der echte Feind (T2DEF) svilupperà ulteriormente la cospirazione interna di Black Mesa e il tema dell'ingegneria biologica umana/Xen. Il Dottor Newell era la mente geniale alle spalle delle sperimentazioni e dello sviluppo del programma Xenanthromorph, ma, come accade in qualsiasi cospirazione segreta complessa, il problema è molto peggio di quanto possa sembrare all'inizio. Il vero potere dietro la ricerca clandestina è un gruppo anarchico multinazionale chiamato Schwarzgeist. Durante la costruzione del complesso Black Mesa hanno iniziato a infiltrarsi segretamente nell'organizzazione. All'epoca del primo recupero riuscito della materia biologica da Xen, il personale di Schwarzgeist occupava posizioni scientifiche chiave. Riuscirono a tenere segreta la loro identità finché una rivelazione accidentale durante il disastro della cascata di risonanza e il conseguente contenimento ne rivelarono l'esistenza. Anche se i vertici di Black Mesa e la NSA sono ora a conoscenza della loro presenza, i loro veri obiettivi rimangono un mistero. Gli sforzi di intelligence sono stati ostacolati dall'organizzazione efficiente e ermetica di Schwarzgeist. In effetti, il Dr. Newell non era un membro noto del gruppo fino al suo tentativo di togliere la vita a Gordon Freeman. Il suo progetto di decodifica del DNA umano/Xen e l'attrezzatura "molecular transmutator" erano abilmente camuffati da ricerche farmaceutiche. Man mano che si dipana la storia di T2DEF, Gordon scoprirà presto quanto sia profondo il loro influsso e controllo sul personale di Black Mesa.