In Gensokyo sta sbocciando una primavera piuttosto debole. I fiori sono deboli, i youkai sono piuttosto tranquilli e Gensokyo sembra essere in crisi. Marisa Kirisame, una maga astuta, sta preparando una nuova magia. Tuttavia, a differenza della sua magia normale, questo non è per combattere, è per ammirare i fiori. Va da Reimu Hakurei, per mostrarle. Tuttavia, quando arriva al santuario, non c'è nessuno ed è chiuso a chiave, sembrando essere stato vuoto per un certo periodo. Una storia tragica di Gensokyo è rapidamente iniziata. Ci sono quattro scenari separati tra cui scegliere, che modificano i primi tre livelli...