PROLOGO A Gensokyo, la gente si rilassa e si gode la calma di un inverno senza fine. La primavera non ha mostrato segni di arrivare anche se è già maggio, e anzi le tempeste di neve continuano a peggiorare. Reimu Hakurei, sacerdotessa del Santuario Hakurei, è stanca di avere freddo giorno dopo giorno e vuole trovare la fonte di questo tempo innaturale. Marisa Kirisame, una maga in abiti neri, vede un petalo di ciliegio fluttuare giù fuori dalla sua casa calda e si chiede se la primavera stia avvenendo altrove. Sakuya Izayoi, la governante capo della Scarlet Devil Mansion, sa che le loro provviste invernali stanno rapidamente diminuendo e vuole porre fine a questo inverno prolungato prima che finiscano completamente. A seconda di chi scegli, solo una di queste tre eroine esce realmente e indaga. STORIA PRINCIPALE L'eroina inizia il suo viaggio dirigendosi nelle foreste coperte di neve in cerca di indizi. Lei affronta la fata del ghiaccio Cirno e lo spirito invernale Letty Whiterock nella foresta, e il nekomata Chen nel villaggio di Mayohiga, senza alcun progresso nelle sue ricerche. Infine, dopo aver sconfitto Alice Margatroid e le sue bambole, l'eroina trova un indizio quando nota diversi petali di ciliegio svolazzare nel cielo. L'eroina segue la traccia dei petali di ciliegio ben al di sopra di Gensokyo, superando i saluti di Lily White e giungendo infine a una grande barriera magica e alle Prismriver Sisters, musiciste poltergeist. Dopo aver messo a tacere le Prismriver Sisters, l'eroina attraversa la barriera nel Mondo Sotterraneo. Dopo aver combattuto contro diversi fantasmi, l'eroina si trova di fronte Youmu Konpaku, una giardiniera umano-spettrale. Youmu spiega che aveva rubato l'essenza della "primavera" in tutto Gensokyo al fine di far fiorire in modo perfetto Saigyou Ayakashi, un albero di ciliegio youkai, insieme al resto dei giardini di Hakugyokurou, secondo gli ordini del suo maestro. L'eroina sconfigge Youmu e si affretta a Hakugyokurou per riacquisire la primavera di Gensokyo. Ormai alla fine di un lungo viaggio, l'eroina si trova faccia a faccia con Yuyuko Saigyouji, la principessa fantasma di Hakugyokurou. Yuyuko rivela che voleva far rivivere una certa anima che è stata sigillata all'interno della Saigyou Ayakashi prima della sua esistenza. Per spezzare il sigillo, l'albero di ciliegio youkai doveva fiorire completamente e appieno. Yuyuko e l'eroina combattono in una feroce battaglia, per ottenere l'ultima "primavera" contenuta nell'eroina necessaria per il Perfect Cherry Blossom, e per riconquistare la primavera di Gensokyo, rispettivamente. Dopo che l'eroina sconfigge Yuyuko, la Saigyou Ayakashi inizia a perdere salute. Tuttavia il sigillo è stato indebolito dalla quasi completa fioritura, e l'anima sigillata è temporaneamente liberata. L'anima è in realtà di Yuyuko. L'eroina schiva attacco dopo attacco finché l'anima di Yuyuko non è finalmente sigillata di nuovo.