La storia è ambientata su Marte. Inizia da dove si è interrotto UFO: Aftermath e si svolge contemporaneamente con UFO: Aftershock. Mentre i Laputani sulla Terra stanno combattendo i Wargots e Starghosts e scoprono cosa ha causato la distruzione del loro pianeta natale, una piccola colonia su Marte sta cercando di sopravvivere e prosperare. Il giocatore otterrà ulteriori dettagli sulle attività degli organismi intergalattici, chiamati Myrmecols, nel sistema solare. La ricerca scientifica e la comunicazione con diverse fazioni sulla Terra gli danno una prospettiva diversa sugli eventi dei due precedenti sequel. In UFO: Afterlight, i giocatori incontreranno tecnologie completamente nuove, un ambiente insolito e nemici sia vecchi che sconosciuti.