Dopo che il sistema di supporto vitale sulla Laputa (stazione spaziale orbitale/città) fallisce, i popoli della Laputa si ribellano contro il Human Council, e scoppia un conflitto armato. Di conseguenza, i motori della Laputa esplodono e la città viene distrutta, uccidendo quasi tutti coloro che vi si trovano. Le poche sopravvissute fuggono in navette spaziali e ne trovano un'altra Laputa deserta nello spazio. Questa Laputa è equipaggiata con un pod di atterraggio per Earth, si vocifera che sia stato perduto da tempo. Ora tu guidi i restanti sopravvissuti della Laputa e ristabilisci contatti con Earth e i misteri al suo interno.