Wing Commander: Prophecy, il quinto capitolo della rinomata serie di combattimento spaziale, introduce una nuova generazione di piloti in una galassia post-bellica. I giocatori assumono il ruolo del novellino Lance Casey a bordo della TCS Midway, di fronte a una minaccia aliena inaspettata profetizzata dall'antica profezia dei Kilrathi. Sullo sfondo di una fragile pace dopo il conflitto dei Border Worlds, il gioco combina combattimenti spaziali intensi con una narrazione FMV tipica della fine degli anni '90. I piloti si cimentano in missioni pericolose, brandendo un arsenale di armi avanzate per difendere la Confederation contro una forza misteriosa che minaccia l'esistenza dell'universo.