Dopo gli eventi del primo gioco, in cui il Generale Wilhelm "Deathshead" Strasse è stato eliminato, il Kreisau Circle recupera il gravemente ferito William "B.J." Blazkowicz dalla fortezza di Deathshead prima di distruggerla con un cannone nucleare. Egli è ancora in convalescenza dalle sue ferite su un sottomarino rubato chiamato Eva’s Hammer. All’improvviso, il sottomarino viene attaccato da Frau Engel, una crudele comandante nazista, e cattura Caroline. Blazkowicz elabora un piano per farsi catturare e per essere portato sul dirigibile di Engel, l’Ausmerzer, che tiene sospeso il sottomarino al di sopra dell’acqua. Engel cerca di far decapitare Caroline da sua figlia Sigrun, ma quest’ultima rifiuta, con Engel che uccide Caroline di sua mano. Sigrun ha un cambio di cuore e affronta Engel, permettendo a Blazkowicz di usare l’armatura di Caroline. Blazkowicz scollega Eva’s Hammer dall’Ausmerzer e fugge di ritorno al sottomarino con il corpo di Caroline. Ora, armato dell’armatura di Caroline, B.J è pronto a tornare negli Stati Uniti, vendicare i suoi amici, uccidere ogni nazista che vede e scatenare la seconda Rivoluzione Americana.