La trama centrale dell'espansione è il ritorno del malvagio aspetto drago Deathwing the Destroyer (originariamente Neltharion the Earth Warder). L'ultima volta visto in Warcraft II, che si svolse più di due decenni prima, Deathwing ha trascorso quel tempo curando se stesso e cospirando il suo ritorno infuocato dal piano elementale di Deepholm. Il suo ritorno lacera la barriera dimensionale all'interno di Azeroth, causando un cataclisma che rimodella gran parte della superficie del mondo. In mezzo al disastro mondiale emerge un rinnovato conflitto tra l'Alleanza e l'Orda, ora sotto il governo di Garrosh Hellscream. Con i regni elementali ora aperti al mondo, spiriti elementali caotici e i loro signori tirannici emersero per aiutare il Destroyer e il culto nihilista Twilight's Hammer a portare all'Ora del Crepuscolo: la fine di ogni vita su Azeroth.
Il Cataclisma è responsabile di una serie di cambiamenti politici all'interno dell'Orda e dell'Alleanza. Con il risveglio del cataclisma, il leader dell'Orda, lo sciamano orco Thrall, si è dimesso dal suo dovere di Capoguerra dell'Orda per aiutare meglio il mondo di Azeroth nel suo insieme. Questo incarico è stato ceduto all'ex sovrano della Warsong Offensive, il guerriero orco Mag'har Garrosh Hellscream. Cercando modi per raccogliere più risorse e nuovi territori per il suo popolo, Hellscream ha avviato diverse brutali incursioni contro l'Alleanza, usando il cataclisma a vantaggio dell'Orda. Il re umano Varian Wrynn ha dispiegato molte delle sue forze per combattere l'aggressione di Garrosh, assaltando i Barrens Meridionali e le Montagne di Stonetalon, mentre Garrosh, a differenza di Thrall, ha abbracciato la guerra contro l'Alleanza.
Ci sono diverse nuove aree che i giocatori possono esplorare, insieme a nuove missioni e scene finali alle quali i giocatori possono partecipare.
Ascesa dei Zandalari
Allarmati dalle tremende perdite di vite tra tutti i troll, la tribù Zandalari viaggiò per il mondo per riunire la loro stirpe e ricostruire il loro impero un tempo potente. I Zandalari riportarono in vita le città cadute Zul'Gurub e Zul'Aman e iniziarono a condurre raid sanguinosi sui territori che un tempo erano "loro". La crescente forza dei troll sperava di guidare una grande guerra contro le altre razze di Azeroth, ma l'onorevole Vol'jin della tribù Darkspear si oppose al loro programma omicida e reclutò campioni sia dall'Orda che dall'Alleanza per invadere le antiche città e fermare l'assalto.
Ira delle Terre della Fiamma
Dopo una feroce serie di battaglie, gli eroi di Azeroth scacciarono Ragnaros il Signore del Fuoco e i suoi servitori elementali dal Monte Hyjal. Tuttavia, le minacce a Hyjal persistevano, tra cui druidi traditori che avevano abbandonato i loro alleati e si erano alleati con gli elementali. Temendo un'altra invasione elementale, i difensori di Azeroth lanciarono un audace assalto nel regno ardente di Ragnaros: le Terre della Fiamma. Tra le fiamme torbide di questo dominio elementale, Ragnaros era al massimo del potere; solo i più grandi campioni dell'Orda e dell'Alleanza, assistiti da campioni druidici come Malfurion Stormrage, potevano osare sperare di sconfiggere il Signore del Fuoco.
Ora del Crepuscolo
Alla vetta della sua follia, Deathwing the Destroyer lottò per spingere il mondo nel crepuscolo—un futuro devastato privo di ogni vita. La Dragon Soul, un potente artefatto perduto nel passato, era l'unico strumento in grado di fermare davvero Deathwing, e così i guardiani di Azeroth—Dragon Aspects—inviarono un certo numero di eroi valorosi attraverso il tempo per recuperarlo. Nonostante gli attacchi della misteriosa Infinite Dragonflight mentre viaggiavano nelle vie del tempo, i campioni riportarono l'artefatto al presente e lo consegnarono al saggio sciamano Thrall. Con il suo aiuto, la Dragon Soul fu schierata contro il Destroyer durante una battaglia brutale che cominciò nei cieli di Azeroth e continuò nel cuore turbolento del Maelstrom al centro del mondo. Per gli sforzi combinati degli Aspects e dei loro alleati, la follia di Deathwing fu finalmente spezzata. Tuttavia, gli ultimi Aspects sono costretti a sacrificare i loro poteri per alimentare la Dragon Soul, ma sentono che il loro tempo come guardiani di Azeroth sia passato e che gli eroi dell'Alleanza e dell'Orda si siano dimostrati pronti e capaci di proteggere Azeroth.