Le missioni in The Burning Crusade sono generalmente allineate in continuità con le missioni della lore originale, cioè in termini di cronologia BC è sostanzialmente il seguito diretto del WoW originale. Alcune missioni ambientate in Outland, soprattutto quelle legate a Illidan, parlano di una pausa di cinque anni nella trama, il che suggerisce un intervallo di un anno tra BC e l'originale. Ciò però non è confermato, poiché non c'è mai stata alcuna dichiarazione reale che TFT avvenga un anno dopo RoC. Ma, in genere, si concorda sul fatto che ci sia stata una pausa di quattro anni tra Warcraft III e WoW. L'espansione è principalmente ambientata in Outland, l'ex mondo di Draenor e il nuovo continente nel gioco. Le missioni permettono generalmente ai giocatori di esplorare il mondo in autonomia. La storia principale ruota attorno a Illidan il Traditore e a ciò che gli è successo negli ultimi anni. I giocatori possono anche intraprendere missioni che suggeriscono di aiutare Illidan nel suo tempo o di ucciderlo per una ricompensa speciale. Oltre a questo, sono presenti molti legami tra l'ex mondo di Draenor e l'attuale Outland, come l'apertura del Dark Portal da parte di Medivh, che è una quest d'istanza situata in Caverns of Time. Anche la relazione antica tra gli sciamani orchi e la Burning Legion viene narrata nella sequenza delle quest. The Burning Crusade si concentra inoltre sulle due nuove razze giocabili e sulla loro affiliazione alla linea di gioco. Molti buchi di trama sono riempiti da missioni che collocano gli elfi del sangue nella Horde e i draenei nell'Alliance. I giocatori devono ancora partecipare alle vecchie missioni del mondo per ottenere la lore relativa a Outland.