La guerra continua... X-COM: UFO Defense vi ha portato in un campo di battaglia galattico. X-COM: Terror from the Deep porta il terrore alieno in una dimensione completamente nuova. Cercando di sfruttare la Terra indebolita, gli avversari di X-COM provenienti dallo spazio profondo cambiano inaspettatamente strategia e lanciano un potente secondo fronte contro il pianeta Earth. Nelle oscure profondità di vasti oceani, forze sopite da tempo si risvegliano grazie a segnali di riattivazione inviati attraverso il silenzio galattico dai loro fratelli e sorelle interstellari. Lentamente ma inesorabilmente, un esercito di creature marine aliene in ibernazione si risveglia. Il tuo combattimento si estende ora verso i strani nuovi mondi delle profondità, dove tecnologie aliene superiori minacciano la sopravvivenza stessa del pianeta Earth.