Nel lontano futuro, l'universo X affronta un periodo di cambiamento profondo e irrevocabile. Mentre l'universo barcolla verso un futuro incerto, innumerevoli avventure attendono mentre nuovi nemici emergono in cerca di potere. Si presenta un giovane avventuriero e la sua improbabile alleata femmina, a bordo di una vecchia nave malconcia dal glorioso passato — due persone sole contro la galassia, destinate a svolgere un ruolo chiave negli eventi a venire. Il destino dell'universo è nelle mani del giocatore...