La storia inizia con una ragazza orfana dallo Stato di Zhao, Shui Jing (水鏡), e la sua sorella discepola maggiore Qu Xian (屈嫻) sulla cima di una montagna insieme ai loro anziani della House of Mo, una casata Mohista che si oppone attivamente alla tirannia di Qin e al suo leader, che è spesso accompagnato da un misterioso consigliere dalla pelle viola (più tardi rivelato essere lo Vessel Spirit originale in una missione ideologica per creare un'utopia unificata assorbendo il mondo mortale nell'universo creato dallo Spirit - "Realm in the Clouds"). Qu Xian fu testimone dell'uccisione dei suoi compagni da parte di giganteschi costrutti meccanici creati con la tecnica Jiguan. Più tardi, Shui Jing incontra Ji Liang (姬良) (più tardi noto come Zhang Liang 張良), un giovane uomo istruito proveniente dallo stato Han annientato, capace di utilizzare il Scroll of Heaven (Tian Shu 天書) nelle battaglie dopo averlo ottenuto e decifrato in una prima avventura insieme a Shui Jing, e Ji Peng (疾鵬), un umoristico re uccello parlante che impiega un corpo Jiguan umanoide in battaglia. I tre percorrono varie terre per contrastare le macchinazioni dell'Impero Qin e dello Vessel Spirit. Più avanti nella storia, Ji Peng viene rivelato come l'uccello di proprietà del marito della leader del clan Mo, Fu Ziche (輔子徹) (introdotto in Dance of Maple insieme all'attuale leader del clan Mo, Lady Wenjin (紋錦), rinomata per la sua eterna giovinezza), che era stato sigillato nel ghiaccio nel World Within the Vessel dopo una battaglia con lo Vessel Spirit, durante la quale egli evitò la catastrofe impedendo che il Black Fire scatenato dallo Spirit prendesse forma usando un cristallo viola in preda alla disperazione. I tre alla fine riconciliano le loro divergenze con lo Spirit, salvano Fu Ziche e affrontano la vera minaccia, combattendo con tutte le nove porzioni di Black Fire (ogni porzione aumenta il proprio potere e tutte e nove le porzioni sono 4^128 volte più potenti di una porzione da sola) che vagano fuori controllo, che si crede sia l'arma definitiva dell'Inferno in grado di prendere la forma di un drago nero, scoperta molto tempo fa dall'ingegnere dell'antico regno di Shu, Qi, che causò la distruzione della sua civiltà e fu sigillato in un bozzolo protettivo fino agli eventi del gioco; quando assunse il controllo di Lady Wenjin (紋錦) (creata con Black Fire) e di Black Fire per scatenare una furia volta a distruggere il mondo (o, nella sua mente, creare un mondo in cui l'inferno e il regno mortale coesistono per eliminare la morte) al suo risveglio.