In un futuro prossimo, scienziati che lavorano per il potente conglomerato asiatico noto come Igem hanno scoperto una nuova fonte di energia. Rifiutandosi di condividere la loro tecnica con il resto del mondo, Igem ha infine sviluppato una macchina per il controllo del clima chiamata ONI, che intendono utilizzare per il dominio mondiale. Una squadriglia di piloti di elicotteri esperti, chiamata Zero Gunner, viene riunita per distruggere ONI - ma Igem reagisce con tutta la loro potenza... Zero Gunner 2 è uno shooter dall'alto verso il basso. Tutti gli sfondi e i veicoli di questo gioco sono modellati in 3D, anche se il gameplay segue principalmente le convenzioni degli shooter 2D. Poiché il tuo veicolo è un elicottero, è stato aggiunto un sistema di "puntamento e rotazione", che permette di ruotare il veicolo per attaccare un nemico in modo più efficace, oppure di bloccare un punto nello spazio e ruotare intorno ad esso mentre si continua a sparare. Queste azioni non sono automatizzate e sono controllate dal giocatore; per avere successo, è fondamentale padroneggiare questa funzionalità. Il gioco include i consueti power-up e battaglie contro boss, insieme a una selezione di elicotteri tra cui scegliere.