Aa Megami-sama si svolge su un'isola magica disabitata, a cui Keiichi, Belldandy, Urd e Skuld sono misteriosamente invitati. In realtà, sono stati portati qui dallo Spirit of the Silver Watch, che governa sull'isola, con l'aiuto di Mara e Hild. Lo Spirit ha bisogno dell'aiuto delle dee per sistemare un difetto al centro dell'isola, e li rinchiude insieme a Keiichi all'interno di un labirinto magico per condurli al centro dell'isola affinché possano liberarsi.