Sessantasette anni dopo gli eventi della Subterranean Era nei giochi precedenti, la seconda più grande corporazione della Terra, Zio Matrix, ottiene i piani per un progetto di ricerca su Marte, risalenti a prima della Grande Distruzione. Usando questi piani, Zio invia una squadra di ricerca su Marte per avviare il Terraforming Project, che fa sì che la superficie e l'atmosfera marziane si avvicinino a quelle della Terra. Altre corporazioni vengono a conoscenza del progetto e seguono rapidamente Zio Matrix, portando con sé l'ambiente competitivo che esisteva sulla Terra, e l'impiego dei mercenari di Nerves Concord. Mentre la guerra tra le tre aziende volge al termine, la più potente, Zio Matrix, tenta un colpo di stato contro il governo, che ha riconquistato il controllo attraverso la sua squadra mercenaria d'élite, The Frighteners, guidata da Leos Klein. Ma nel caos che ne segue, i Frighteners voltano le spalle al governo, assassinano il nuovo leader della LCC e prendono il controllo della potente tecnologia Disorder. Il personaggio giocante deve affrontarli e salvare la popolazione umana di Marte.