Ambientata quasi due decenni dopo la fine della Guerra dei Sette Anni, documentata nel True Ending di Spectral Souls II (percorso Rozess Army modificato), la storia segue le sventure alquanto casuali di un Contractor freelance e del suo equipaggio, che per varie circostanze si ritrovano al centro di un conflitto che coinvolge Elemental Cores, i quali sono ricercati sia dagli esseri chiamati Human Genomes sia da un gruppo noto come Original Saints, poiché questi Elemental Cores sono sia la chiave per guarire il mondo devastato dalla guerra di Neverland sia l'innesco per instaurare i futuri successori dell'attuale umanità, l'Human Genome, come nuova razza dominante. Lungo la strada, varie sottotrame che coinvolgono il cast arricchiscono questa 'guerra dietro le quinte'.