La storia di Disgaea inizia con Laharl che esce da una bara aperta nella sua stanza. Etna, una delle vassalle del castello, è in piedi accanto a lui, circondata da varie armi. Spiega che è stato addormentato per due anni, molto più a lungo di quanto avesse intenzione, e che suo padre, Re Krichevskoy, è morto. Laharl promette di riconquistare il trono e, dopo essersi consultato con Etna e i suoi altri vassalli, va al castello di Vyers.
Dopo aver sconfitto il demone Vyers, che si riferisce a se stesso come l'"Dark Adonis" e che viene ribattezzato "Mid-Boss" da Laharl, incontra Angel Trainee Flonne. Flonne era stata mandata nell'Netherworld dal Seraph Lamington, il sovrano di Celestia, per assassinare il Re Krichevskoy (che era già morto). Sconvolta dall'indifferenza di Laharl verso la morte di suo padre, l'eternamente ottimista Flonne si unisce al gruppo di Laharl per determinare se i demoni sono capaci di provare amore. Osservandoli di nascosto è l'Archangel Vulcanus, paranoico, che interpreta le azioni di Flonne come tradimento e è convinto che lei stia tramando contro di lui.
Dopo che Etna pretende che Laharl paghi lo stipendio dei Prinnies che ha assunto, decide di attaccare il demone con i soldi più alti nelle vicinanze. Questo è Hoggmeiser al Dinero Palace. Dopo aver sconfitto Hoggmeiser, Laharl sta per ucciderlo, finché il figlio di Hoggmeiser irrompe e gli mette i bastoni tra le ruote. Flonne convince Laharl a risparmiarli, e Laharl permette loro di tenere una parte del denaro. In risposta a questo atto, Hoggmeiser si unisce al gruppo.
A un certo punto, Flonne ed Etna scoprono una fotografia di Laharl in una situazione imbarazzante. Laharl la chiama uno "scatto da paparazzi", tuttavia i contenuti reali della foto non vengono mai rivelati. Una minaccia sul retro della fotografia afferma che copie della foto verrebbero distribuite se Laharl non accettava una sfida per combattere per la signoria; quindi Laharl fu ricattato.
In risposta a questa sfida, Laharl incontra Maderas, un vampiro. Era stato bandito dal Re Krichevskoy per aver rubato lo snack preferito del Re, i pretzel neri. Maderas sfrutta le due grandi debolezze di Laharl – l'ottimismo e le donne dal corpo sexy. Maderas controllava anche Etna tenendole la memoria in ostaggio. L'aveva istruita a uccidere il principe, ma lei lo aveva messo a dormire per due anni avvelenandolo invece. Etna alla fine tradisce Maderas, e insieme a Laharl, Flonne e Mid-Boss lo sconfigge.
Svegliandosi più tardi di notte, Flonne scopre che diversi Prinnies stanno cantando e lasciando il castello. Laharl, preoccupato che la sua reputazione venga macchiata se si scopre che ha fatto scappare i suoi vassalli, li insegue la mattina seguente. Alla fine, incontra la Morte, e il giocatore apprende che Big Sis Prinny è in realtà la madre di Laharl; è diventata una Prinny perché ha dato la sua vita per salvarlo.