Secoli sono trascorsi dalla catastrofica guerra che quasi costò all'umanità la completa annientamento per mano del comandante impazzito del DonPachi Corps, una squadra militare di piloti di caccia stellari nota per la loro abilità in combattimento e per il distacco emotivo (a causa dell'addestramento disumano a cui sono sottoposti — il primo gioco ne è un chiaro esempio, con l'allievo che in realtà massacrava i compagni travestiti da nemici); qualunque resto del suo esercito genocida fu raccolto, trasportato sulla Luna e sigillato all'interno di una rete di caverne, lasciato marcire mentre gli incubi svanivano nella leggenda. L'umanità fiorì di nuovo, al punto da colonizzare la Luna stessa: la megacittà Lunapolis divenne il centro dell'attività umana sul suolo lunare. Tuttavia, col passare del tempo, le macchine dormienti si risvegliarono, si ricostruirono, si evolsero: le caverne sotterranee del pianeta brulicavano di ogni genere di avanzate macchine belliche e di impianti di produzione automatizzati, al loro centro una piattaforma fortemente sorvegliata dove, nel passato, la macchina da combattimento definitiva, l'ape meccanica Hibachi (questa volta chiamata 緋蜂, lit. "scarlet bee"), veniva lentamente ricostruita. Seguendo ancora il loro programma originario, le macchine spezzano il sigillo, invadono la superficie e prendono rapidamente il controllo della Lunapolis, le sue strade e infrastrutture ora completamente dominate e disseminate di postazioni di artiglieria pesante. Con poco tempo a disposizione, il DonPachi Corps viene riattivato, con tempo sufficiente per costruire solo due caccia; tuttavia, a ciascuno viene affidato l'aiuto di un Element Doll, droidi senzienti altamente evoluti (aparentemente diffusi nella società umana dell'epoca e trattati come poco più che schiavi) capaci di fornire dati tattici e potenziare le capacità della propria astronave. Sapendo che la missione è plausibilmente suicida, le due astronavi d'attacco sono schierate sulla superficie lunare, poco fuori Lunapolis, da sole contro un esercito spietato di macchine con un unico obiettivo: uccidere.