.hack//G.U. si svolge in una versione alternativa della Terra nell'anno 2017. Come mostrato nella prima serie di giochi .hack, la "Seconda Crisi di Rete" è stato un incidente accaduto sette anni prima in cui molti sistemi informatici in tutto il Giappone malfunzionavano. Grazie agli sforzi dell'eroe di quei giochi, Kite, l'incidente ha portato alla nascita di Aura, l'ultima intelligenza artificiale (IA), capace di prendere decisioni per sé stessa. Sotto la guida di Aura, The World, il più popolare gioco di ruolo online multigiocatore di massa dell'epoca, prospera e gli eventi di .hack//Legend of the Twilight si svolgono durante questo periodo di quattro anni. Alla fine del 2014, Aura scompare, provocando il lento decadimento di The World e di Internet nel suo complesso. In risposta, la società che amministra The World, CC Corp, crea "Project G.U." e dà loro il compito di porre rimedio al problema. Propongono il piano "Restore Aura (RA)" in cui cercano di recuperare i frammenti di Morganna—un'IA che fungeva da "madre" di Aura—e sigillarli all'interno dei personaggi giocanti (PC) di The World. In teoria, questo permetterebbe ai programmatori di Project G.U. di manipolare il programma Morganna per ricreare Aura. Solo alcuni giocatori "prescelti" potevano controllare questi speciali "Epitaph PCs". Dopo aver individuato i candidati per operare le Epitaph PCs, il team procede a testare il RA Plan nonostante le preoccupazioni per le "anti-esistenze" che potrebbero danneggiare Internet. Il programma fallisce in modo catastrofico e distrugge oltre l'80% dei dati di The World.[9] Invece di cercare di salvare i dati, CC Corp sviluppa The World R:2 e lo rilascia a una nuova generazione di giocatori. Tuttavia, questo nuovo gioco è meno popolare del suo predecessore e viene afflitto dai "player killers" (PK), giocatori che prendono di mira altri giocatori per divertimento e sport. Le Epitaph PC che erano state perse durante il disastro del RA Plan riemergono nella nuova versione, collegate a certi giocatori di interesse. Vol 1: Rinascita: La storia inizia con Haseo che, otto mesi dopo aver iniziato a giocare in The World, è diventato un potente PKK (killer di giocatori) e cerca Tri-Edge, responsabile della morte del personaggio della sua amica Shino e che la lascia in coma. Tri-Edge usa un'abilità illegale su Haseo, che resetta i dati del suo personaggio al livello uno. Privo della forza che aveva un tempo, Haseo viene scambiato per un neofita da Silabus e Gaspard, che lo invitano ad unirsi alla loro gilda, Canard, diventando infine il Capogilda. Durante questo periodo gli si avvicinano Kuhn e Pi, due giocatori associati a G.U., un gruppo guidato da Yata che lavora per CC Corp e sta investigando AIDA, una bizzarra anomalia informatica che sta apparendo nel gioco. Yata chiede l'aiuto di Haseo, in quanto è un Epitaph User, ed è uno degli otto giocatori che possono usare un Avatar, l'unico veicolo per combattere AIDA. Haseo accetta a condizione che Yata trovi Tri-Edge per lui, condizione con cui Yata acconsente. Durante questo periodo viene ripetutamente contattato da Atoli, una dolce guaritrice che cerca di convincere Haseo a godersi di più il gioco e il suo mondo, sebbene Haseo sia infastidito dalla somiglianza con Shino. Haseo assiste anche a un match in arena tra Endrance, Arena Emperor, e un sfidante, e rimane sorpreso nel vedere Endrance, un giocatore che aveva visto con AIDA, usare un Avatar. Determinato a saperne di più, si iscrive all'arena e alla fine sconfigge Endrance. Dopo la vittoria, Atoli, su consiglio di Ovan, trova un segno di Tri-Edge, una incisione rossa, e si trasporta in una regione al di fuori dei parametri normali del gioco, determinata a far sì che Haseo la ritenga preziosa. Realizzando che è in grande pericolo, Haseo, Pi e Kuhn la localizzano mentre fatica ad aprire un armadietto. Dopo averla distratta, Tri-Edge appare e viene battuto da Haseo. Dopo averlo fatto, AIDA attacca il personaggio di Atoli.