.hack//G.U. si svolge in una versione alternativa della Terra nell'anno 2017. Come descritto nella prima serie di giochi .hack, la "2nd Network Crisis" fu un incidente che si verificò sette anni prima, durante il quale molti sistemi informatici in tutto il Giappone si malfunzionavano. Grazie agli sforzi dell'eroe di quei giochi, Kite, l'incidente portò alla nascita di Aura, l'IA definitiva, capace di prendere decisioni per sé. Sotto la guida di Aura, The World, il gioco di ruolo online di massa più popolare dell'epoca, prospera e gli eventi di .hack//Legend of the Twilight si svolgono durante questo periodo di quattro anni. Alla fine del 2014, Aura scompare, provocando il lento decadimento di The World e di Internet nel suo insieme. In risposta, la società che amministra The World, CC Corp, mette in piedi "Project G.U." e li incarica di porre rimedio al problema. Viene elaborato il "Restore Aura (RA) Plan", nel quale cercano di recuperare i frammenti di Morganna—un'IA che fungeva da "madre" di Aura—e di sigillarli nei personaggi giocatore (PC) di The World. In teoria, ciò permetterebbe ai programmatori di Project G.U. di manipolare il programma Morganna per ricreare Aura. Solo certi giocatori "prescelti" avrebbero potuto controllare questi speciali "Epitaph PCs". Dopo aver individuato i candidati per far funzionare gli Epitaph PCs, il team procede a testare il RA Plan nonostante le preoccupazioni riguardo alle "anti-esistenze" che potrebbero danneggiare Internet. Il programma fallisce in modo catastrofico e distrugge oltre l'80% dei dati di The World.[9] Invece di cercare di salvare i dati, CC Corp sviluppa The World R:2 e lo rilascia a una nuova generazione di giocatori. Tuttavia, questo nuovo gioco è meno popolare del suo predecessore e diventa afflitto da "player killers" (PK), giocatori che prendono di mira altri giocatori per divertimento e sport. Le Epitaph PCs che erano state perse durante il disastro RA Plan riaffiorano nella nuova versione, collegate a determinati giocatori di interesse. Vol. 2: Ricordi: In Ricordi, Haseo e lo staff di G.U. si ritrovano intrappolati all'interno del gioco, fisicamente incapaci di lasciare o disconnettersi, o di rimuovere l'hardware. Atoli si riprende, ma diventa muta, capace di comunicare solo tramite messaggi istantanei. Yata spiega che AIDA ha copiato il server di The World, intrappolando tutti all'interno per sperimentare su di loro. Dopo aver violato l'area di controllo amministrativo, trasferiscono tutti sui server di CC Corp. Poco tempo dopo, Haseo viene avvicinato da Alkaid, preoccupata per Sirius, un giocatore infetto da AIDA. Entrano in un torneo per combattere Sirius, ma Alkaid viene aggredita dal giocatore infetto da AIDA Bordeaux, che la lascia in coma. Dopo aver appreso che Sakubo è un altro utente di Epitaph, Haseo chiede l'assistenza di Endrance per il resto del torneo. Sconfiggono Sirius e lo purgano dall'infezione di AIDA che conteneva l'Epitaph di Atoli. Con l'Epitaph di Atoli che ritorna, anche lei si riprende. Tuttavia, il superiore della gilda Moon Tree, Sakaki, induce Atoli a scivolare in una fuga depressiva, e a essere nuovamente usata da AIDA. Sakaki attacca la sua stessa gilda, Moon Tree, per spingere Atoli al punto in cui userà il suo Avatar per sostenere attivamente l'infestazione di AIDA al fine di controllare il mondo reale attraverso la Net, usando AIDA come zampa di gatto. Haseo libera Atoli, rimuovendo la sua infezione, e mette in fuga Sakaki. Inseguendo Sakaki, Haseo lo sconfigge dopo che si è infettato appositamente con AIDA in un ultimo disperato tentativo di prendere il controllo della rete. In seguito appare Ovan e rivela di essere Tri-Edge, infettato nel braccio sinistro da AIDA. Il nemico che Haseo credeva fosse Tri-Edge era in realtà Azure Kite, una delle tre IA che Aura aveva create per distruggere le AIDA.